Patogeni u tijelu postoje u dva oblika; kao slobodni, pojedinačno u krvi i tada klinički postoji akutna infekcija ili su u tkivu vezani u oblike biofilma. Zadržavanje patogena na mjestu ranije infekcije, ispod biofilma je pravilo, a ne izuzetak. U koliko primarna akutna upala koja je postojala vjerojatno daleko ranije nije bila promptno i temeljito izliječena, patogeni će se uvijek zadržati zaštićeni biofilmom, klinički neprepoznatljivi, ali stalno prisutni. Povremeno, pojedini dijelovi biofilma mogu biti potisnuti u krv ili šuplje organe i izazvati kliničke simptome akutne infekcije. Kronična infekcija može pak godinama tinjati , npr. sinusitis, prostatitis, otitis, adneksitis, endometritis, uz malo ili nimalo kliničkih simptoma.
Biofilm je rezistentan prema antibioticima: oni slabo i sporo prodiru u biofilm, komponente biofima suprotstavljaju se djelovanju antibiotika ili ga razaraju, efektori imunosnog sustava koji zajedno s antibiotikom eliminiraju patogene ne prepoznaju patogene u biofilmu ili su nedjelotvorni u sredinama biofilma ili pak teško prodiru u njega. Osim toga patogeni u biofilmu sporo rastu, a mehanizam djelovanja antibiotika upravo je utjecaj na prestanak umnažanja patogena i djeluju upoavo na njihov rast i razmnožavanje . Biofilm je nerijetko hipoksičan, a u takovom okruženju djelovanje je antibiotika slabije. Posebno su rezistentni stari biofilmovi. Općenito, kad postoji infekcija na koju ne djeluje antibiotik koji bi prema antibiogramu trebao biti djelotvoran, to obično znači da je infekcija kronična zbog postojećeg biofilma.