Najčešći razlozi za nastanak sekundarne amenoreje su poremetnje na razini hipotalamusa (oko 50%), najčešće se radi o disfunkciji, puno rjedje o ozbiljnijoj bolesti te regije mozga. Na drugom mjestu su policistični jajnici (20%), ili neki drugi poremećaj u funciji jajnika, potom poremetnje na razini hipofize (npr. mali tumori, mikroadenomi). Puno rjedje sekundarna amenoreja nastaje zbog nekog poremećaja na razini maternice (najčešće adhezija). Rijetko je sekundarna amenoreja posljedica bolesti nekog drugog organa, npr. bolesti nadbubrežne žlijezde ili štitnjače, ili neke teške sistemske bolesti.