Drugi po učestalosti razlog za nastanak sekundarne amenoreje su policistični jajnici (sindrom PCOS). Premda je u žena s ovom poremetnjom češća oligomenoreja (rijetke menstruacije), u nekih od njih menstruacije potpuno prestaju. Sindrom policističnih jajnika nije jednostavna bolest jajnika, to je zapravo složeni poremećaj s promjenama funkcije mnogih sustava. U osnovi najčešće postoji povećano lučenje androgena (najčešće testosterona), žene su vrlo često preuhranjene ili jasno pretile, imaju trajno povećane količine estrogena zbog kojih se javlja hiperplazija endometrija, često uz to postoji rezistencija na inzulin ili šećerna bolest. Za razliku od žena s hipotalamičkom amenorejom, u ove skupine žena sa sekundarnom amenorejom nema opasnosti od lomova kostiju, ali postoji ozbiljna opasnost od nastanka tzv.metaboličkog sindroma I brojnih rizika koji ga prati: visoki krvni tlak, povišena razina masti u krvi, koronarna bolest itd…