Kada su vrijednosti gonadotropina LH, FSH niske , a nema ciklusa postoji hipotalamička ili hipogonadotropna amenoreja. Hipogonadotropna amenoreja nastaje radi toga što hipofiza ne luči dovoljno gonadotropina ili su njihove pulzacije nepravilne. Funkcionalna hipotalamička amenoreja nastaje pak zbog poremetnji u stvaranju hormona hipotalamusa (GNRH) koji nadzire lučenje hormona hipofize koji inače direktno kontroliraju proces ovulacije u jajniku. Kada nema hormona hipotalamusa, kada su njegove vrijednosti vrlo niske ili pulzacije nepravilne, lučenje gonadotropina hipofize se remeti, a najvažnije je da se remeti normalno povećanje sekrecije LH hormona u vrijeme ovulacije, pa ovulacije prestaju. Ako ovo stanje traje dugo jako se smanjuje lučenje estrogena iz jajnika. Najopasnija posljedica manjka estrogena je krhkost kostiju I posljedični lomovi kosti, urogenitalna atrofija s dispareunijom, propadanje kože itd….
Trebat će napraviti obradu hipofize, a potom razmotriti načine liječenja.