Biofilm
Ukoliko nisu promptno odstranjeni djelovnjem imunosnog sustva, patogeni u tijjelu uvijek stvore biofilm koji ih štiti i omogućuje im preživljenje. Ispod biofilma aktivni rast patogena je ograničen, ali je stalan. Ni jedan poznati antibiotik ne može uništiti patogene ispod biofilma. Oni ovdje stalno stvaraju nusprodukte metabolizma i stalno uzrokuju intoksikaciju tijela. Biofilm postoji na svim mjestima kronične upale, na svim mjestima fokalnih infekcija i na mjestima gdje bakterije stvore apsces. Biofilm zapravo omogućuje da infekcija postane kronična. Osim uzrokovanja malignoma, bakterije zaštićene biofilmom omogućuju stvaranje plakova ateroskleroze u koronarnim arterijama, karotidama, u ugrušcima koji uzrokuju infarkte, venske i arterijske tromboze, nakupljanje tekućine u perikardu i pleuri, sudjeluju u stvaranju proširenja krvnih žila (aneurizme), nakupljju se u mozgu , zglobovima i posteljicama uzrokujući tako niz poremetnji trudnoće. Ovaj način remećenja zdravlja patogenima zapravo je puno češći od akutnih infekcija bez obzira jesu li one lokalne ili sistemske jer je svatko od nas tijekom života imao neku infekciju, odnosno bakterije su negdje postojale i stvorile biofilmom zaštićene kolonije koje se uvijek mogu aktivirati. Ovaj vid uzrokovanja kroničnih bolesti rijetko je u fokusu interesa i njemu se puno ma nje govori i misli. A zapravo, većina ljudi i ne znajući živi s tim i ima probleme za koje se pretpostavlja da su osobine njihova tijela i da ih se zpravo ne može izliječiti. Premda biofilmom zaštićeni patogeni mogu postojati svugdje u tijelu, najčešći su u ustima (peroodontalni prostor), sinusima i respiratornom epitelu. Ovako dakle, biofilm se može povezati s postojanjem brojnih kroničoih bolesti u tijelu i , sudeći prema rezultatima brojnih objavljenih istraživanja, zapravo je uzrok tih bolesti. Npr. perioodontalni procesi nadjeni su u većine bolesnika s Alzheimerom, kod Parkinsonove bolesti, u oboljelih od sistemskih kolgenoza, jako povećavaju smrtnost od miokardijalnog infarkta, cer brovaskularnog inzulta itd. Uspješno pak izliječenje dovodi do poboljšanja i nerijetko ozdravljenja.
Patogeni zapravo u tijelu postoje u dva oblika; kao slobodni, pojedniačno u krvi i tada klinički postoji akutna infekcija ili u tkivu vezani u oblike biofilma. Tada povremeno pojedini dijelovi mogu biti potisnuti u krv i izazvati simptome akutne infekcije. Kronična infekcija može godinama tinjati , npr. sinusitis, prostatitis, otitis, uz malo ili nimalo kliničkih simptoma.