Ukoliko nisu promptno odstranjeni djelovnjem imunosnog sustva, patogeni u tijjelu uvijek će stvoriti biofilm koji ih štiti i omogućuje im preživljenje. Ispod biofilma aktivni rast patogena je ograničen, ali je stalan. Ni jedan poznati antibiotik ne može uništiti patogene ispod biofilma. Oni ovdje stalno stvaraju nusprodukte metabolizma i stalno uzrokuju intoksikaciju tijela. Biofilm postoji na svim mjestima kronične upale, na svim mjestima fokalnih infekcija i na mjestima gdje bakterije stvore apsces. Biofilm zapravo omogućuje da infekcija postane kronična. Drži se da biofilm može uzrokovati nastanak malignoma, a bakterije zaštićene biofilmom omogućuju i stvaranje plakova ateroskleroze u koronarnim arterijama, karotidama, u ugrušcima koji uzrokuju infarkte, venske i arterijske tromboze, uzrokuju nakupljanje tekućine u perikardu i pleuri, sudjeluju u stvaranju proširenja krvnih žila (aneurizme), nakupljaju se u mozgu , zglobovima i posteljicama uzrokujući tako niz poremetnji trudnoće. Ovaj način remećenja zdravlja patogenima zapravo je puno češći od akutnih infekcija bez obzira jesu li one lokalne ili sistemske jer je svatko od nas tijekom života imao neku infekciju, odnosno bakterije su negdje postojale i stvorile biofilmom zaštićene kolonije koje se uvijek mogu aktivirati. Ovaj vid uzrokovanja kroničnih bolesti rijetko je u fokusu interesa i njemu se malo govori i misli. A zapravo, većina ljudi i ne znajući živi s biofilmom na brojnim lokacijama i ima probleme za koje se pretpostavlja da su osobine njihova tijela i da ih se zapravo ne može izliječiti. Premda biofilmom zaštićeni patogeni mogu postojati svugdje u tijelu, najčešći su u ustima (periodontalni prostor i na jeziku ili unutar punjenih zubnih korijena), sinusima i respiratornom epitelu. Sudeći prema rezultatima brojnih objavljenih istraživanja, biofilmom zaštićene kolonije patogena zapravo su uzrok tih bolesti. Npr. perioodontalni procesi nadjeni su u većine bolesnika s Alzheimerom, kod Parkinsonove bolesti, u oboljelih od sistemskih kolgenoza, jako povećavaju smrtnost od miokardijalnog infarkta, cerebrovaskularnog inzulta. Drže se odgovornim za brojne slučajeve ponavljno izgubljenih trudnoća, za nastanak brojnih komplikacija trudnoće, smatraju se uzrokom neplodnosti, sindroma policističnih jajnika, erektilnih disfunkcija. Uspješno pak izliječenje dovodi do poboljšanja i nerijetko ozdravljenja.