MR se pokazala najkorisnijom u dijagnostici malformacija središnjeg živčanog sustava fetusa. Ultrazvučna dijagnostika središnjeg živčanog sustava je ograničena zbog nespecifičnosti prikaza određenih anomalija, tehničkih čimbenika koji smanjuju moć razlučivanja, kostiju neurokranija koje onemogućavaju dobar prikaz struktura stražnje lubanjske jame te finih promjena u moždanom parenhimu. Snimanja u više ravnina ultrazvukom ponekad nisu moguća ili zbog položaja ili veće gestacijske dobi čeda.
Za procjenu patologije fetalnog središnjeg živačnog sustava kao npr. ventrikulomegalija ili arahnoidne ciste, MR povisuje točnost u otprilike 50% slučajeva. MR-om je moguće prikazati prisutnost corpusa callosuma u fetusa sa ultrazvučno postavljenom sumnjom agenezije kao i njegovu odsutnost kod dijagnoze ventrikulomegalije. Zbog križanja živčanih kortiko-kortikalnih putova unutar corpusa callosuma te posljedničnih neuroloških oštećenja fina dijagnostika takvih stuktura u budućnosti će nam zasigurno omogućiti intrauterinu, a ne samo postanatalnu dijagnostiku neurorizičnosti. Tim više što je MR prva slikovna metoda s mogućnošću prenatalne dijagnostike intracerebralnih krvarenja.
MR-om se mogu prikazati i anomalije leđne moždine, osobito kaudalne malformacije koje je teško prikazati ultrazvukom, a bolji je i prikaz stražnje lubanjske jame kod sumnje na Chiari II malformaciju. Međutim, dijagnoza postavljena MR-om nije utjecala na daljnje liječenje pacijenata s malformacijom neuralne cijevi.