Nakon što su ciklusi manje-više redoviti neko vrijeme, menstruacija može izostati. Tada govorimo o sekundarnoj amenoreji. U koliko su raniji ciklusi bili posve redoviti, sekundarna amenoreja postoji kada menstruacija izostane 3 I više mjeseci. Ako su raniji ciklusi bili neredoviti, sekundarna amenoreja postoji kad mjesečnica izostane 6 ili više mjeseci.
Naravno da je trudnoća najčešći razlog za sekundarnu amenoreju I valja je isključiti u svake pacijentice u koje menstruacija izostane.
Najčešći razlozi za nastanak sekundarne amenoreje su poremetnje na razini hipotalamusa (oko 50%), najčešće se radi o disfunkciji, puno rjedje o ozbiljnijoj bolesti te regije mozga. Na drugom mjestu su policistični jajnici (20%), ili neki drugi poremećaj u funciji jajnika, potom poremetnje na razini hipofize (npr. mali tumori, mikroadenomi). Puno rjedje sekundarna amenoreja nastaje zbog nekog poremećaja na razini maternice (najčešće adhezija). Rijetko je sekundarna amenoreja posljedica bolesti nekog drugog organa, npr. bolesti nadbubrežne žlijezde ili štitnjače, ili neke teške sistemske bolesti.
Funkcionalna hipotalamička amenoreja nastaje zbog poremetnji u stvaranju hormona hipotalamusa (GNRH) koji nadzire lučenje hormona hipofize koji inače direktno kontroliraju proces ovulacije u jajniku. Kada nema hormona hipotalamusa, kada su njegove vrijednosti vrlo niske ili pulzacije nepravilne, lučenje gonadotropina hipofize se remeti, a najvažnije je da se remeti normalno povećanje sekrecije LH hormona u vrijeme ovulacije, pa ovulacije prestaju. Ako ovo stanje traje dugo jako se smanjuje lučenje estrogena iz jajnika. Najopasnija posljedica manjka estrogena je krhkost kostiju I posljedični lomovi kosti, urogenitalna atrofija s dispareunijom, propadanje kože itd….
Funkcionalna hipotalamička amenoreja najčešće se susreće u djevojaka I žena koje naglo omršave (obično se gubi 10% od idealne tjelesne težine), izlažu se ozbiljnim fizičkim naporima (sportašice, balerine…) ili postoji selektivna redukcija unosa masti I uopće jako smanjenje količine masti u tijelu. Može nastupiti I u uvjetima jake emocionalne neravnoteže I stresa. Sklonost nastanku amenoreje u odredjenim uvjetima genetski je uvjetovana. Uz datu genetsku predispoziciju, amenoreja će nastupiti, dok u djevojaka neporemećenog genoma, isti uvjeti neće uzrokovati amenoreju. Obično s prestankom razloga koji ju je uzrokovao, amenoreja prestaje, ali ne uvijek. Katkad je npr. potreban puno veći dobitak na težini da bi se ciklus regulirao, a katkad uz to moraju biti zadovoljeni I neki drugi uvjeti: npr. smanjenje vrijednosti nekih hormona u tijelu itd….
Drugi po učestalosti razlog za nastanak sekundarne amenoreje su policistični jajnici (sindrom PCOS). Premda je u žena s ovom poremetnjom češća oligomenoreja (rijetke menstruacije), u nekih od njih menstruacije potpuno prestaju. Sindrom policističnih jajnika nije jednostavna bolest jajnika, to je zapravo složeni poremećaj s promjenama funkcije mnogih sustava. U osnovi najčešće postoji povećano lučenje androgena (najčešće testosterona), žene su vrlo često preuhranjene ili jasno pretile, imaju trajno povećane količine estrogena zbog kojih se javlja hiperplazija endometrija, često uz to postoji rezistencija na inzulin ili šećerna bolest. Za razliku od žena s hipotalamičkom amenorejom, u ove skupine žena sa sekundarnom amenorejom nema opasnosti od lomova kostiju, ali postoji ozbiljna opasnost od nastanka tzv.metaboličkog sindroma I brojnih rizika koji ga prati: visoki krvni tlak, povišena razina masti u krvi, koronarna bolest itd…